Za obavljanje poslova iz djelokruga i nadležnosti Ministarstva kapitalnih investicija osnovane su slijedeće unutrašnje organizacione jedinice:
DIREKTORAT ZA KAPITALNE INVESTICIJE
- Direkcija za kapitalne projekte
- Direkcija za međunarodnu saradnju i evropske integracije
DIREKTORAT ZA ENERGETIKU I ENERGETSKU EFIKASNOST
- Direkcija za razvoj i reformu energetike
- Direkcija za tržište naftnih derivata i prirodnog gasa
- Direkcija za praćenje projekata i stanja u oblasti energetike
- Direkcija za implementaciju politike energetske efikasnosti
DIREKTORAT ZA RUDARSTVO, GEOLOGIJU I UGLJOVODONIKE
- Direkcija za rudarstvo, geološka istraživanja i ugljovodonike
- Direkcija za koncesije u oblasti mineralnih sirovina
DIREKTORAT ZA ŽELJEZNIČKI SAOBRAĆAJ
- Direkcija za infrastrukturu i prevoz
- Direkcija za inspekcijski nadzor u željezničkom saobraćaju
DIREKTORAT ZA DRUMSKI SAOBRAĆAJ
- Direkcija za drumski saobraćaj i homologaciju vozila
- Direkcija za inspekcijski nadzor u drumskom saobraćaju
DIREKTORAT ZA DRŽAVNE PUTEVE
- Direkcija za održavanje i bezbjednost državnih puteva
- Direkcija za inspekcijski nadzor državnih puteva
DIREKTORAT ZA POMORSKI SAOBRAĆAJ I UNUTRAŠNJU PLOVIDBU
- Direkcija za sigurnost i bezbjednost plovidbe i zaštitu od zagađenja
- Direkcija za pomorsku privredu
- Direkcija za inspekcijski nadzor u pomorskom i unutrašnjem saobraćaju
- Područna jedinica - Lučka Kapetanija Bar
- Područna jedinica - Lučka Kapetanija Kotor
DIREKTORAT ZA VAZDUŠNI SAOBRAĆAJ
ODJELJENJE ZA DRUGOSTEPENI UPRAVNI POSTUPAK
ODJELJENJE ZA UNUTRAŠNJU REVIZIJU
ODJELJENJE ZA BORBU PROTIV KORUPCIJE
ODJELJENJE ZA UNAPREĐENJE KORPORATIVNOG UPRAVLJANJA
KABINET
SLUŽBA ZA FINANSIJSKE POSLOVE I JAVNE NABAVKE
SLUŽBA ZA OPŠTE POSLOVE I LJUDSKE RESURSE
