U DIREKTORATU ZA PORESKI I CARINSKI SISTEM vrše se poslovi koji se odnose na: izradu zakona i drugih propisa kojima se uvode javni prihodi (carine, porezi, doprinosi, takse, naknade i dr.) kojima se finansiraju javni rashodi, na nivou države; kreiranje politika; vođenje drugostepenog upravnog poreskog i carinskog postupka po žalbama i drugim pravnim sredstvima obveznika, protiv prvostepenih upravnih akata poreskog i carinskog organa; pripremu odgovora po zahtjevu suda na tužbe u postupku upravnih sporova; pripremu programa rada, izvještaja o radu i informacija o pojavama i zapažanjima značajnim za ostvarivanje zakonitosti u radu poreskog, odnosno carinskog organa; pripremu analiza, informacija i izvještaja o funkcionisanju fiskalnog sistema, kao i realizaciju carinske i poreske politike; pripremu analiza i obezbjeđivanje savjeta i mišljenja u vezi sa carinskom i poreskom politikom, pripremom i razmatranjem relevantnih zakona; kreiranje carinske i poreske politike, zakona i procedura koji se odnose na efikasan i djelotvoran fiskalni sistem, kao i kreiranje modela finansiranja za sve nivoe uprave kako bi se obezbijedila stabilna osnova prihoda u skladu sa evropskim standardima, kojom se stvara povoljan ambijent za jačanje ekonomskog razvoja zaposlenosti u Crnoj Gori. Ovaj Direktorat vrši upravni nadzor u oblastima poreza i carina; kao i nadzor u dijelu zakonitog, efikasnog i efektivnog rada uprava koje sprovode poresku i carinsku politiku.
8.1. U Direkciji za poreski sistem i poresku politiku, vrše se poslovi koji se odnose na: pripremu integralnih rješenja sistema i politike u vezi direktnih poreza (porez na dobit pravnih lica, porez na naftu i gas, porez na dohodak fizičkih lica, doprinosi za obavezno socijalno osiguranje) i indirektnih poreza (akcize, porez na dodatu vrijednost, porez na kafu, tranzitne takse, druge takse i vrste indirektnih poreza), poreske administracije i sprječavanja nelegalnog poslovanja; pripremu zakona i podzakonsih akata koji se odnose na direktne i indirektne poreze; sprječavanja nelegalnog poslovanja; pripremu analiza, izvještaja i informacija koje se odnose na direktne i indirektne poreze; uskađivanje propisa o direktnim i indirektnim porezima sa zakonodavstvom EU i najboljom međunarodnom praksom; izradu uporednih analiza o direktnim i indirektnim porezima sa rješenjima u drugim državama; pripremu službenih mišljenja i stavova u vezi direktnih i indirektnih poreza, poreske administracije i sprječavanja nelegalnog poslovanja; pripremu uporedne analize o direktnim i indirektnim porezima sa rješenjima drugih zemalja; pripremu propisa iz oblasti socijalnog osiguranja (penzijskog, zdravstvenog i osiguranja od nezaposlenosti); prikupljanje i sređivanje podataka i vođenje evidencije iz djelokruga rada; pripremu ugovora o izbjegavanju dvostrukog oporezivanja; učestvovanje u bilateralnim pregovorima u vezi zaključivanja ugovora o izbjegavanju dvostrukog oporezivanja; pripremu mišljenja koja se odnose na otklanjanje međunarodnog dvostrukog oporezivanja; praćenje rada na međunarodnom planu (OECD i UN) u oblasti izbjegavanja dvostrukog oporezivanja.
8.2 U Direkciji za carinski sistem i carinsku politiku vrše se poslovi koji se odnose na: pripremu zakona i drugih propisa (uredbi, pravilnika, uputstava i dr.) kojima se uređuje carinski sistem i carinska politika; uvođenje integralnih rješenja sistema i politike carinske i vancarinske zaštite; prikupljanje i sređivanje podataka i vođenje evidencija iz djelokruga rada; pripremu stručnih podloga i učestvovanje u realizaciji programa stručnog osposobljavanja carinskih službenika; praćenje razvoja i funkcionisanja ekonomskog i pravnog sistema u dijelu koji je mjerodavan za funkcionisanje carinskog sistema; pripremu stručnih podloga za preduzimanje i provođenje mjera ekonomske politike iz oblasti carinskog sistema i carinske politike; pripremu propisa koji se odnose na carinsku tarifu i carinsku vrijednost; učešće u pripremi propisa koji se odnose na vancarinsku zaštitu i vancarinsku tarifu (prelevmani i dr.); priprema mišljenja na nacrte medjunarodnih ugovora i konvencija, pripremu objašnjenja vezanih za određivanje carinske vrijednosti robe; praćenje i analiziranje podataka o carinskoj vrijednosti robe koju uvoze pravna i fizička lica, radi pružanja pomoći carinskoj službi; davanje stručnih mišljenja po predmetima u drugostepenom postupku kada su u pitanju sporovi oko carinske vrijednosti robe; praćenje i analiziranje podataka o ispravnosti tarifiranja robe u postupku carinjenja i usklađivanje iste sa međunarodnim konvencijama u pogledu naziva i brojčane oznake; pripremu stručnih podloga za donošenje propisa o carinskoj i vancarinskoj tarifi; brigu o stručnoj primjeni carinske tarife od strane carinske službe; iniciranje naknadne kontrole carinskih obveznika po pitanju ispravnosti primjene carinske i vancarinske tarife; praćenje i primjenu carinskih propisa i obezbjeđenje jedinstvenog postupka u sprovođenju zakona i podzakonskih akata koji se odnose na carinski postupak; pružanje stručne pomoći carinskom organu radi njegovog jedinstvenog postupanja kod sprovođenja carinskog postupka; priprema podzakonskih akata (uredbe, pravilnici) i davanje odobrenja za otvaranje slobodnih carinskih prodavnica; pripremu različitih mišljenja i stavova u vezi propisa koji se odnose na carinski postupak, nadzor Uprave carina u dijelu efikasne realizacije carinske politike i projekata za unapredjenje carinskog sistema.
8.3 U Direkciji za drugostepeni poreski i carinski postupak vrše se poslovi koji se odnose na: vođenje drugostepenog upravnog poreskog i carinskog postupka po žalbama i drugim pravnim sredstvima obveznika, protiv prvostepenih upravnih akata poreskog i carinskog organa; pripremu odgovora po zahtjevu suda na tužbe u postupku upravnih sporova, pripremu programa rada izvještaja o radu i informacija o pojavama i zapažanjima značajnim za ostvarivanje zakonitosti u radu, poreskog, odnosno carinskog organa u poreskom i carinskom upravnom postupku i izradi zakona i drugih podzakonskih akata iz djelokruga rada direktorata.
8.4. U Direkciji za nadzor i realizaciju poreske politike vrše se poslovi koji se odnose na: utvrđivanje i ostvarivanje plana naplate javnih prihoda; saradnju i nadzor u dijelu efikasne realizacije poreske politike i projekata za unapredjenje poreskog sistema; nadzor nad zakonitošću rada u dijelu evidentiranja poreskih obaveza i naplate javnih prihoda. Predlažu se mjere u pogledu unapjeđenja poreske evidencije, obezbjeđivanja eksternih podataka i obrade sttističkih izvještaja. Ova Direkcija vrši nadzor realizacije poreske politike, predlaže mjere za unaprjeđenje poreske politike i poreskog postupka i ocjenjuje efikasnost naplate javnih prihoda.