GENERALNI INSPEKTOR
Unutrašnju kontrolu rada Agencije vrši generalni inspektor.
Generalnog inspektora postavlja i razrješava Vlada.
Generalni inspektor podnosi direktoru Agencije izvještaj o svim pitanjima od značaja za rad Agencije, povredi zakona i drugih propisa, kao i o drugim saznanjima do kojih dođe tokom kontrole i daje preporuke i određuje rok za otklanjanje nedostataka.
SKUPŠTINA CRNE GORE
Parlamentarnu kontrolu rada Agencije vrši Skupština, preko nadležnog radnog tijela – Odbora za bezbjednost i odbranu.
Na zahtjev radnog tijela, Agencija podnosi i posebne izvještaje o pojedinim poslovima iz svog djelokruga.