Odjeljenje obavlja poslove zaštite mora od zagađenja sa brodova i drugih plovnih i plutajućih objekata.
U okviru svojih nadležnosti organizuje, koordinira i sprovodi aktivnosti na suzbijanju, smanjenju i otklanjanju posljedica zagađenja mora, u skladu sa važećim nacionalnim planovima za hitno djelovanje.
Učestvuje u pripremi operativnih planova i procedura, organizovanju vježbi i unapređenju spremnosti za reagovanje na incidente zagađenja mora, u saradnji sa nadležnim državnim organima i međunarodnim partnerima.