Ministarstvo prosvjete, nauke i inovacija vrši poslove uprave koji se, u oblasti prosvjete, odnose na: kreiranje, uspostavljanje i razvoj obrazovno-vaspitnog sistema; uslove za osnivanje, rad i licenciranje ustanova u oblasti obrazovanja; organizaciju rada obrazovno-vaspitnih ustanova; normative i standarde za finansiranje ustanova obrazovanja i vaspitanja; dopunsku nastavu djeci crnogorskih državljana koji se nalaze na privremenom radu u inostranstvu; mobilnost studenata i akademskog osoblja i međunarodnu saradnju u oblasti obrazovanja; priznavanje inostranih obrazovnih isprava o završenom osnovnom, srednjem i visokom obrazovanju; donošenje, odnosno odobravanje obrazovnih programa za predškolsko vaspitanje i obrazovanje, osnovno obrazovanje i vaspitanje, srednje opšte obrazovanje, stručno obrazovanje, vaspitanje i obrazovanje djece sa posebnim obrazovnim potrebama i obrazovanje odraslih; upisnu politiku na javnim ustanovama visokog obrazovanja; obrazovanje komisije za praćenje maturskog, odnosno stručnog ispita; izbor direktora u javnim ustanovama predškolskog, osnovnog i srednjeg obrazovanja; imenovanje članova školskih i upravnih odbora u javnim ustanovama obrazovanja i vaspitanja; donošenje normativa o profilu i obrazovanju nastavnika, stručnih saradnika i saradnika u nastavi u osnovnoj i srednjoj školi; utvrđivanje liste nastavnika koji nemaju normu časova za školsku godinu; raspored nastavnika koji nemaju normu časova za školsku godinu; donošenje programa privatno-javnog partnerstva za oblast obrazovanja; opremu, smještaj i ishranu učenika i studenata; normative troškova rada obrazovno-vaspitnih ustanova; davanje saglasnosti na visinu participacije za pokriće troškova obrazovanja u javnim ustanovama; utvrđivanje visine naknade za vanredne učenike; normative vannastavnog osoblja u obrazovno-vaspitnim ustanovama; davanje saglasnosti na opšta akta javnih ustanova iz oblasti obrazovanja; pripremu predloga propisa iz oblasti prosvjete; izdavanje udžbenika i udžbeničke literature; nadzor nad zakonitošću rada ustanova u oblasti obrazovanja; ostvarivanje prosvjetno- kulturne djelatnosti pripadnika manjinskih naroda i drugih manjinskih nacionalnih zajednica koji žive u Crnoj Gori; razvoj i implementaciju Nacionalnog okvira kvalifikacija i usklađenost sa Evropskim kvalifikacionim okvirom; planiranje i programiranje, ostvarivanje i usklađivanje međunarodne prosvjetne saradnje Crne Gore sa drugim državama, regionalnim zajednicama i međunarodnim organizacijama; edukaciju i stručno usavršavanje stranaca u Crnoj Gori i crnogorskih državljana u inostranstvu, posebno mladih i talentovanih učenika i studenata; prikupljanje, obradu i distribuciju predloga i odgovarajućih podataka, informacija i programa u oblastima međunarodne prosvjetne saradnje; dodjeljivanje nagrade "Oktoih", nagrada učenicima i nastavnicima koji su ostvarili rezltate na državnom i međunarodnim takmičenjima u znanju.
Ministarstvo stvara okruženje pogodno za razvoj i podizanje kvaliteta naučnoistraživačke zajednice u svim domenima i naučnim oblastima, jača profesiju istraživača. Ulaže u istraživanje i inovacije sprovođenjem politike inovacione djelatnosti, podstiče razvoj proizvoda i usluga u IT djelatnostima, razvija inovacionu infrastrukturu.
I.I Direkcija za rano, predškolsko i osnovno obrazovanje i vaspitanje
I.II Direkcija za unaprjeđenje kvaliteta predškolskog i osnovnog obrazovanja i vaspitanja
II.I Direkcija za gimnazijsko i stručno obrazovanje i vaspitanje
II.II Direkcija za unaprjeđenje kvaliteta gimnazijskog i stručnog obrazovanja
III.I Direkcija za cjeloživotno obrazovanje
IIl.II Direkcija za Nacionalni okvir kvalifikacija
IV.I Direkcija za visoko obrazovanje
IV.II Direkcija za učenički i studentski standard
Vl.I Direkcija za međunarodnu saradnju i EU fondove iz oblasti nauke i inovacija
Vl.II Direkcija za evropske integracije i EU fondove iz oblasti prosvjete
Vll.I Direkcija za nacionalne programe podrške naučnoistraživačkoj zajednici
Vll.II Direkcija za programe podsticanja naučne izvrsnosti
VIll.I Direkcija za inovacije
VIll.II Direkcija za pametnu specijalizaciju
IX.I. Direkcija za karijerno savjetovanje i vođenje
IX.II Direkcija za strateško planiranje i upravljanje
XVII.I Biro za odnose sa javnošću
XVIII.I Kancelarija za koordinaciju i realizaciju projekata kapitalnog budžeta i projektnih kredita
XIX.I Kancelarija za računovodstvo
XXI.I Pisarnica