1.         DIREKTORAT ZA SIGURNOST PLOVIDBE   

1.1.      Direkcija za primjenu IMO / EU pomorskih standarda i sigurnost plovidbe

1.2.      Direkcija za prava pomoraca, međunarodnu saradnju i izvještavanje

1.3.      Direkcija za tehničke standarde države zastave

1.4.      Lučka kapetanija Bar

            1.4.1.   Ispostava Budva

            1.4.2.   Ispostava Ulcinj

            1.4.3.   Ispostava Virpazar

            1.5.      Lučka kapetanija Kotor

            1.5.1.   Ispostava Tivat

            1.5.2.   Ispostava Zelenika

            1.5.3.   Ispostava Porto Novi

2. DIREKTORAT ZA POMORSKU PRIVREDU

2.1. Direkcija za lučku i brodarsku djelatnost

2.2. Direkcija za pomorsko-agencijske poslove

3. ODJELJENJE ZA KAPITALNE PROJEKTE I MEĐUNARODNU SARADNJU

4. KABINET 

5. ODJELJENJE ZA UNUTRAŠNJU REVIZIJU 

6. SLUŽBA ZA RAČUNOVODSTVO, FINANSIJE I JAVNE NABAVKE  

7. SLUŽBA ZA OPŠTE POSLOVE I LJUDSKE RESURSE