1.         ДИРЕКТОРАТ ЗА СИГУРНОСТ ПЛОВИДБЕ   

1.1.      Дирекција за примјену ИМО / ЕУ поморских стандарда и сигурност пловидбе

1.2.      Дирекција за права помораца, међународну сарадњу и извјештавање

1.3.      Дирекција за техничке стандарде државе заставе

1.4.      Лучка капетанија Бар

            1.4.1.   Испостава Будва

            1.4.2.   Испостава Улцињ

            1.4.3.   Испостава Вирпазар

            1.5.      Лучка капетанија Котор

            1.5.1.   Испостава Тиват

            1.5.2.   Испостава Зеленика

            1.5.3.   Испостава Порто Нови

2. ДИРЕКТОРАТ ЗА ПОМОРСКУ ПРИВРЕДУ

2.1. Дирекција за лучку и бродарску дјелатност

2.2. Дирекција за поморско-агенцијске послове

3. ОДЈЕЉЕЊЕ ЗА КАПИТАЛНЕ ПРОЈЕКТЕ И МЕЂУНАРОДНУ САРАДЊУ

4. КАБИНЕТ 

5. ОДЈЕЉЕЊЕ ЗА УНУТРАШЊУ РЕВИЗИЈУ 

6. СЛУЖБА ЗА РАЧУНОВОДСТВО, ФИНАНСИЈЕ И ЈАВНЕ НАБАВКЕ  

7. СЛУЖБА ЗА ОПШТЕ ПОСЛОВЕ И ЉУДСКЕ РЕСУРСЕ