За обављање послова из дјелокруга и надлежности Министарства оснивају се унутрашње организационе јединице:

1. ДИРЕКТОРАТ ЗА ЖЕЉЕЗНИЧКИ САОБРАЋАЈ  

1.1. Дирекција за жељезничку инфраструктуру и жичаре

1.2. Дирекција за превоз путника, робе и одржавање жељезничких возних средстава

1.3. Дирекција за инспекцијски надзор жељезничке инфраструктуре, саобраћаја и жичара

2. ДИРЕКТОРАТ ЗА ДРУМСКИ САОБРАЋАЈ И МОТОРНА ВОЗИЛА  

2.1. Дирекција за друмски саобраћај

2.2. Дирекција за моторна возила

2.3. Дирекција за инспекцијски надзор друмског саобраћаја

3. ДИРЕКТОРАТ ЗА ДРЖАВНЕ ПУТЕВЕ 

3.1. Дирекција за изградњу, одржавање и безбједност путева

3.2. Дирекција за стратешко планирање и развој пројеката из области путева

3.3  Дирекција за инспекцијски надзор државних путева

4. ДИРЕКТОРАТ ЗА ПОМОРСТВО 

4.1. Дирекција за сигурност пловидбе и заштиту од загађења

4.2. Дирекција за поморску привреду

4.3. Дирекција за инспекцијски надзор страних пловних објеката

4.4. Подручна јединица Лучка капетанија Бар

4.5. Подручна јединица Лучка капетанија Котор

5. ДИРЕКТОРАТ ЗА ВАЗДУШНИ САОБРАЋАЈ 

5.1. Дирекција за инфраструктуру цивилно - ваздушног саобраћаја

5.2. Дирекција за ваздухопловство

6. ДИРЕКТОРАТ ЗА КАПИТАЛНЕ ПРОЈЕКТЕ И МЕЂУНАРОДНУ САРАДЊУ

6.1. Дирекција за капиталне пројекте и ЕУ фондове

6.2. Дирекција за међународну сарадњу и европске интеграције

7. КАБИНЕТ МИНИСТРА 

8. ОДЈЕЉЕЊЕ ЗА ДРУГОСТЕПЕНИ УПРАВНИ ПОСТУПАК  

9. ОДЈЕЉЕЊЕ ЗА УНАПРЕЂЕЊЕ КОРПОРАТИВНОГ УПРАВЉАЊА 

10. ОДЈЕЉЕЊЕ ЗА ИНТЕГРИТЕТ

11. ОДЈЕЉЕЊЕ ЗА УНУТРАШЊУ РЕВИЗИЈУ  

12. СЛУЖБА ЗА ОДНОСЕ СА ЈАВНОШЋУ  

13. СЛУЖБА ЗА РАЧУНОВОДСТВО, ФИНАНСИЈЕ И ЈАВНЕ НАБАВКЕ 

13.1. Канцеларија за рачуноводство и финансије

13.2. Канцеларија за јавне набавке