Za obavljanje poslova iz djelokruga i nadležnosti Ministarstva osnivaju se unutrašnje organizacione jedinice:

1. DIREKTORAT ZA ŽELJEZNIČKI SAOBRAĆAJ  

1.1. Direkcija za željezničku infrastrukturu i žičare

1.2. Direkcija za prevoz putnika, robe i održavanje željezničkih voznih sredstava

1.3. Direkcija za inspekcijski nadzor željezničke infrastrukture, saobraćaja i žičara

2. DIREKTORAT ZA DRUMSKI SAOBRAĆAJ I MOTORNA VOZILA  

2.1. Direkcija za drumski saobraćaj

2.2. Direkcija za motorna vozila

2.3. Direkcija za inspekcijski nadzor drumskog saobraćaja

3. DIREKTORAT ZA DRŽAVNE PUTEVE 

3.1. Direkcija za izgradnju, održavanje i bezbjednost puteva

3.2. Direkcija za strateško planiranje i razvoj projekata iz oblasti puteva

3.3  Direkcija za inspekcijski nadzor državnih puteva

4. DIREKTORAT ZA POMORSTVO 

4.1. Direkcija za sigurnost plovidbe i zaštitu od zagađenja

4.2. Direkcija za pomorsku privredu

4.3. Direkcija za inspekcijski nadzor stranih plovnih objekata

4.4. Područna jedinica Lučka kapetanija Bar

4.5. Područna jedinica Lučka kapetanija Kotor

5. DIREKTORAT ZA VAZDUŠNI SAOBRAĆAJ 

5.1. Direkcija za infrastrukturu civilno - vazdušnog saobraćaja

5.2. Direkcija za vazduhoplovstvo

6. DIREKTORAT ZA KAPITALNE PROJEKTE I MEĐUNARODNU SARADNJU

6.1. Direkcija za kapitalne projekte i EU fondove

6.2. Direkcija za međunarodnu saradnju i evropske integracije

7. KABINET MINISTRA 

8. ODJELJENJE ZA DRUGOSTEPENI UPRAVNI POSTUPAK  

9. ODJELJENJE ZA UNAPREĐENJE KORPORATIVNOG UPRAVLJANJA 

10. ODJELJENJE ZA INTEGRITET

11. ODJELJENJE ZA UNUTRAŠNJU REVIZIJU  

12. SLUŽBA ZA ODNOSE SA JAVNOŠĆU  

13. SLUŽBA ZA RAČUNOVODSTVO, FINANSIJE I JAVNE NABAVKE 

13.1. Kancelarija za računovodstvo i finansije

13.2. Kancelarija za javne nabavke