Лучке власти на овом подручју постоје још од 1774. године и Едикта Марије Терезије, када поморска служба добија организациони облик сличан данашњем. До краја Првог свјетског рата главна капетанија била је у Мељинама, а касније се управљање поморством развија кроз државне институције и реорганизације.

Лучка капетанија Котор добија значајнију улогу 1933. године као капетанија И реда, док се након Другог свјетског рата успоставља савремени систем управљања поморством кроз министарства и регионалне управе.

Данашња организација лучких капетанија у Црној Гори формирана је 1963. године, када су успостављене капетаније у Котору и Бару – распоред који је задржан до данас.