Zadatak Komisije je da prati, proučava i utvrđuje predloge za rješavanje pitanja nestalih lica sa teritorije Crne Gore u oružanim sukobima na prostoru bivše SFRJ; izvršava obaveze koje proizilaze iz međunarodnih ugovora i sporazuma koji se odnose na rješavanje pitanja nestalih lica; koordinira rad nadležnih organa i organizacija u postupku traženja nestalih lica, ekshumacije i identifikacije i ostvaruje saradnju sa nadležnim organima, porodicama i udruženjima nestalih lica radi rješavanja statusnih i humanih pitanja njihovih porodica.